Staphylococcus aureus str XN108

The prediction was done using a set of srn genes identified from SRD RNA-seq analysis.

Numbers of SRD’S predicted srn sequences =

subject_seq_id	identity	length	mismatch	gapopen	query_start	query_end	subject_start	subject_end	evalue	bitscore
srn_4470_RsaX28	99.92	1177	1	0	2662249	2663425	1	1177	0.0	2169
srn_1670_Teg20as	99.70	1009	3	0	765207	766215	1	1009	0.0	1847
srn_0770_Teg18as	99.08	865	8	0	342082	342946	1	865	0.0	1554
srn_1580_sbrC	99.26	675	5	0	728311	728985	120	794	0.0	1219
srn_5020_sRNA401	99.65	568	2	0	2954026	2954593	1	568	0.0	1038
srn_3790_sRNA301	99.62	532	2	0	2120384	2120915	1	532	0.0	972
srn_3910_RNAIII	100.00	516	0	0	2183338	2183853	1	516	0.0	953
srn_1590_rsaC	100.00	505	0	0	728481	728985	1	505	0.0	933
srn_2130_rsaE	99.13	459	4	0	1030681	1031139	1	459	0.0	826
srn_4330_Teg36as	99.12	452	4	0	2577606	2578057	1	452	0.0	813
RNaseP	100.00	435	0	0	1545226	1545660	1	435	0.0	804
srn_0860_RsaOB	99.76	421	1	0	427741	428161	1	421	0.0	773
srn_5070_RsaX25	98.68	379	5	0	3000796	3001174	1	379	0.0	673
srn_2880_RsaOQ	99.73	366	1	0	1433366	1433731	1	366	0.0	671
srn_2250_sprG4	99.46	369	1	1	1061831	1062198	1	369	0.0	669
srn_3840_sprG1	98.91	366	4	0	2124911	2125276	2	367	0.0	654
tmRNA	98.89	359	4	0	893174	893532	1	359	0.0	641
srn_4050_artR	99.71	346	1	0	2414467	2414812	1	346	0.0	634
srn_3300_Teg70	99.43	348	1	1	1758325	1758671	1	348	1e-179	630
srn_0280_sRNA16	96.77	372	12	0	104862	105233	1	372	7e-177	621
srn_2560_sRNA212	99.37	319	0	2	1234026	1234343	1	318	1e-163	577
srn_4340_Teg23	100.00	307	0	0	2578434	2578740	1	307	9e-161	568
srn_4770_sRNA385	95.75	353	10	1	2822666	2823018	85	432	1e-159	564
srn_9500_sRNA368	100.00	302	0	0	2702056	2702357	1	302	5e-158	558
srn_1990_Teg40as	100.00	300	0	0	908758	909057	1	300	7e-157	555
srn_2530_sRNA209	99.34	304	2	0	1208458	1208761	1	304	9e-156	551
srn_4830_Sau6072	98.98	295	3	0	2836398	2836692	1	295	4e-149	529
srn_1350_Teg45	99.31	291	1	1	614515	614804	1	291	5e-148	525
srn_3360_sRNA267	100.00	283	0	0	1804236	1804518	1	283	2e-147	523
srn_3320_sRNA264	100.00	283	0	0	1775464	1775746	1	283	2e-147	523
srn_3260_Teg69	99.63	273	1	0	1725833	1726105	1	273	3e-140	499
srn_9360_sRNA293	98.53	272	3	1	2037821	2038092	271	1	4e-134	479
srn_4520_RsaX20	99.24	262	2	0	2699757	2700018	1	262	2e-132	473
srn_4190_sRNA342	99.61	259	0	1	2482604	2482861	1	259	7e-132	472
srn_4000_sRNA326	100.00	253	0	0	2401090	2401342	1	253	9e-131	468
srn_3280_sRNA260	99.23	259	2	0	1745383	1745641	1	259	9e-131	468
4.5S	100.00	253	0	0	547901	548153	1	253	9e-131	468
srn_3570_sRNA284	96.75	277	9	0	1921786	1922062	1	277	4e-129	462
srn_3570_sRNA284	94.87	78	4	0	1922121	1922198	270	347	8e-27	122
srn_4100_sprG3	99.22	256	1	1	2427598	2427853	1	255	2e-128	460
srn_3350_sRNA266	100.00	246	0	0	1790461	1790706	1	246	7e-127	455
srn_2970_sRNA235	100.00	240	0	0	1479473	1479712	1	240	2e-123	444
srn_2230_sprG2	99.17	241	1	1	1061575	1061814	1	241	3e-120	433
srn_2450_Sau6229	99.16	239	2	0	1183793	1184031	1	239	1e-119	431
srn_3950_Teg16	100.00	225	0	0	2327185	2327409	1	225	3e-115	416
srn_4550_sprA2	98.71	233	3	0	2717843	2718075	1	233	1e-114	414
srn_0930_Teg76	100.00	223	0	0	449509	449731	1	223	4e-114	412
srn_3490_RsaOE	100.00	220	0	0	1880965	1881184	1	220	2e-112	407
6S	100.00	218	0	0	1722369	1722586	1	218	3e-111	403
srn_0030_Teg35	99.11	225	0	2	12487	12710	1	224	3e-111	403
srn_1490_Sau6477	100.00	216	0	0	670800	671015	1	216	3e-110	399
srn_4300_sRNA349	93.58	265	15	2	2551185	2551448	1	264	2e-108	394
srn_4300_sRNA349	88.34	163	14	4	2075756	2075917	106	264	2e-47	191
srn_4300_sRNA349	85.37	164	18	4	1410059	1410222	262	105	1e-39	165
srn_4300_sRNA349	84.05	163	20	5	1499221	1499383	106	262	1e-35	152
srn_4300_sRNA349	83.23	161	20	5	1199290	1199448	262	107	2e-32	141
srn_4300_sRNA349	88.60	114	12	1	289932	290045	218	106	3e-31	137
srn_4300_sRNA349	87.72	114	13	1	1193987	1194100	264	152	1e-29	132
srn_2520_Teg60	99.54	216	1	0	1206652	1206867	1	216	2e-108	394
srn_4980_Teg32	98.22	225	3	1	2942068	2942292	1	224	6e-108	392
srn_0260_Teg15as	95.49	244	11	0	94636	94879	1	244	2e-107	390
srn_0440_rsaK	99.53	212	1	0	198675	198886	1	212	3e-106	387
srn_3580_SprA1	100.00	207	0	0	1922499	1922705	1	207	3e-105	383
srn_1810_Teg51	100.00	206	0	0	832355	832560	1	206	1e-104	381
srn_1080_RsaX05	100.00	205	0	0	517025	517229	1	205	4e-104	379
srn_3660_Sau6515	98.59	213	3	0	1974390	1974602	1	213	2e-103	377
srn_1210_sRNA106	99.51	205	1	0	569877	570081	1	205	2e-102	374
srn_0050_Teg1	96.07	229	9	0	15792	16020	1	229	2e-102	374
srn_4110_sRNA335	100.00	198	0	0	2431291	2431488	1	198	3e-100	366
srn_3390_Teg7	100.00	193	0	0	1836056	1836248	1	193	2e-97	357
srn_3190_Teg68	99.49	195	1	0	1711387	1711581	1	195	8e-97	355
srn_4740_sprA3	93.97	232	12	2	2810846	2811077	1	230	4e-95	350
srn_5010_Teg33	98.47	196	3	0	2948790	2948985	1	196	5e-94	346
srn_0220_sRNA261	100.00	186	0	0	1747418	1747603	1	186	2e-93	344
srn_1640_rsaD	100.00	177	0	0	745644	745820	1	177	2e-88	327
srn_2410_Sau6524	100.00	173	0	0	1159537	1159709	1	173	3e-86	320
srn_4090_sprF3	98.84	173	1	1	2427527	2427699	1	172	2e-82	307
srn_2950_Teg6	98.84	172	2	0	1459927	1460098	1	172	2e-82	307
srn_9480_sRNA334	100.00	163	0	0	2430298	2430460	1	163	1e-80	302
srn_3050_sRNA242	100.00	163	0	0	1576364	1576526	1	163	1e-80	302
srn_2460_Teg58	99.39	163	1	0	1190314	1190476	1	163	5e-79	296
srn_1550_Teg49	99.39	163	1	0	717048	717210	1	163	5e-79	296
srn_2550_Teg80	100.00	159	0	0	1227660	1227818	1	159	2e-78	294
srn_9340_sRNA287	100.00	156	0	0	1952234	1952389	1	156	8e-77	289
srn_1070_Sau41	100.00	156	0	0	516320	516475	1	156	8e-77	289
srn_4460_Teg26	97.59	166	4	0	2652650	2652815	1	166	1e-75	285
srn_2330_Sau11	100.00	153	0	0	1113014	1113166	1	153	4e-75	283
srn_4160_Sau25	97.01	167	4	1	2460040	2460205	1	167	5e-74	279
srn_4160_Sau25	97.30	111	1	2	2343479	2343587	1	111	3e-46	187
srn_4160_Sau25	99.05	105	0	1	552514	552617	105	1	3e-46	187
srn_4160_Sau25	99.02	102	0	1	1994629	1994729	1	102	1e-44	182
srn_4120_Teg20	100.00	149	0	0	2434733	2434881	1	149	6e-73	276
srn_3780_Teg13	100.00	148	0	0	2115553	2115700	1	148	2e-72	274
srn_3040_Sau50	100.00	148	0	0	1572390	1572537	1	148	2e-72	274
srn_2290_sbrA	100.00	148	0	0	1069993	1070140	1	148	2e-72	274
srn_2660_sRNA219	99.33	149	0	1	1322517	1322665	1	148	1e-70	268
srn_2580_Teg103	100.00	145	0	0	1244566	1244710	1	145	1e-70	268
srn_2500_sRNA207	82.06	340	38	10	1199144	1199477	1	323	1e-70	268
srn_2500_sRNA207	90.22	184	16	2	408289	408471	79	261	8e-62	239
srn_2500_sRNA207	84.36	211	27	5	289831	290037	79	287	1e-50	202
srn_2500_sRNA207	84.21	190	23	5	1679714	1679896	190	1	2e-43	178
srn_2500_sRNA207	89.29	140	12	3	2822533	2822669	140	1	8e-42	172
srn_2500_sRNA207	84.24	184	21	6	2064929	2065108	258	79	8e-42	172
srn_2500_sRNA207	93.81	113	3	3	2551338	2551447	190	79	4e-40	167
srn_2500_sRNA207	91.07	112	9	1	1410059	1410170	80	190	4e-35	150
srn_2500_sRNA207	84.42	154	14	6	1097173	1097325	152	8	6e-33	143
srn_2500_sRNA207	88.60	114	11	2	2075803	2075916	190	79	3e-31	137
srn_2500_sRNA207	88.39	112	12	1	1499272	1499383	190	80	4e-30	134
srn_2500_sRNA207	86.61	112	12	2	2064939	2065048	190	80	3e-26	121
srn_2200_Sau6053	100.00	145	0	0	1051254	1051398	1	145	1e-70	268
srn_0200_Teg4	100.00	145	0	0	52506	52650	1	145	1e-70	268
srn_3210_sRNA254	97.44	156	4	0	1714900	1715055	1	156	4e-70	267
srn_4670_RsaOT	99.32	146	1	0	2770355	2770500	1	146	1e-69	265
srn_1510_rsaA	100.00	143	0	0	680996	681138	1	143	1e-69	265
srn_3610_SprC	100.00	142	0	0	1949945	1950086	1	142	5e-69	263
srn_3550_Teg75	99.31	145	0	1	1908576	1908719	1	145	2e-68	261
srn_0510_rsaG	100.00	137	0	0	228967	229103	1	137	3e-66	254
srn_3800_sprD	97.92	144	3	0	2121779	2121922	2	145	4e-65	250
srn_3830_sprF1	99.26	136	1	0	2124911	2125046	3	138	5e-64	246
srn_3830_sprF1	98.36	61	1	0	385073	385133	61	1	2e-22	108
srn_3140_Teg151	99.26	136	1	0	1613422	1613557	1	136	5e-64	246
srn_3740_Sau6492	100.00	131	0	0	2088756	2088886	1	131	6e-63	243
srn_1930.5_rsaOF	100.00	130	0	0	2064878	2065007	1	130	2e-62	241
srn_1930.5_rsaOF	90.29	103	7	3	1194030	1194132	130	31	1e-29	132
srn_3820_SprX	96.03	151	1	2	2122672	2122822	1	146	2e-62	241
srn_3820_SprX	94.00	150	4	2	387194	387342	146	1	8e-57	222
srn_4590_Teg28	100.00	128	0	0	2739631	2739758	1	128	3e-61	237
srn_2340_Sau59	100.00	128	0	0	1114618	1114745	1	128	3e-61	237
srn_1910_rsaH	99.22	129	0	1	879168	879296	1	128	1e-59	231
srn_1760_sRNA149	99.21	127	1	0	811027	811153	1	127	5e-59	230
srn_1520_Sau76	100.00	122	0	0	681156	681277	1	122	6e-58	226
srn_4420_Teg25	100.00	121	0	0	2607088	2607208	1	121	2e-57	224
srn_0590_sRNA37	95.04	141	6	1	259223	259363	1	140	3e-56	220
srn_3860_sRNA315	98.36	122	2	0	2162666	2162787	1	122	1e-54	215
srn_2240_sprF2	100.00	116	0	0	1061757	1061872	1	116	1e-54	215
srn_2830_SbrB	99.15	118	0	1	1398067	1398183	1	118	2e-53	211
srn_4390_rsaOG	100.00	111	0	0	2592876	2592986	1	111	8e-52	206
srn_3870_sRNA296	94.07	135	8	0	2066447	2066581	49	183	8e-52	206
srn_3870_sRNA296	82.70	185	27	4	1409984	1410165	183	1	6e-38	159
srn_3870_sRNA296	82.16	185	28	4	1499277	1499458	1	183	3e-36	154
srn_3870_sRNA296	91.67	108	9	0	873415	873522	1	108	4e-35	150
srn_3870_sRNA296	91.67	108	8	1	916416	916522	1	108	1e-34	148
srn_3870_sRNA296	91.43	105	9	0	1123396	1123500	4	108	2e-33	145
srn_3870_sRNA296	81.66	169	23	7	1193819	1193981	167	1	4e-30	134
srn_3870_sRNA296	83.49	109	14	2	3005506	3005611	1	108	1e-19	99.0
srn_4440_sRNA361	100.00	109	0	0	2640251	2640359	1	109	1e-50	202
srn_3600_SprB	98.25	114	1	1	1938746	1938859	1	113	1e-49	198
srn_2540_sRNA210	100.00	106	0	0	1208967	1209072	1	106	5e-49	196
srn_2400_Teg37as	99.08	109	1	0	1157611	1157719	1	109	5e-49	196
srn_3460_Sau5949	99.07	107	0	1	1861523	1861629	1	106	2e-47	191
srn_3460_Sau5949	100.00	45	0	0	1703167	1703211	106	62	4e-15	84.2
srn_5000_Sau13	99.04	104	1	0	2948139	2948242	1	104	3e-46	187
srn_1770_rsaOC	98.99	99	1	0	811048	811146	1	99	2e-43	178
srn_0880_Sau5971	100.00	96	0	0	433389	433484	1	96	2e-43	178
srn_4610_sRNA377	100.00	95	0	0	1123501	1123595	95	1	6e-43	176
srn_4610_sRNA377	100.00	95	0	0	826163	826257	95	1	6e-43	176
srn_4610_sRNA377	97.89	95	2	0	2856867	2856961	95	1	1e-39	165
srn_4610_sRNA377	97.89	95	2	0	2066566	2066660	95	1	1e-39	165
srn_4610_sRNA377	97.89	95	2	0	916523	916617	95	1	1e-39	165
srn_4610_sRNA377	96.84	95	3	0	3030908	3031002	95	1	6e-38	159
srn_4610_sRNA377	96.84	95	3	0	1409905	1409999	1	95	6e-38	159
srn_4610_sRNA377	96.84	95	3	0	1499443	1499537	95	1	6e-38	159
srn_4610_sRNA377	96.84	95	3	0	1097542	1097636	95	1	6e-38	159
srn_4610_sRNA377	96.84	95	3	0	2742737	2742831	1	95	6e-38	159
srn_4610_sRNA377	96.84	95	3	0	271980	272074	95	1	6e-38	159
srn_4610_sRNA377	94.74	95	5	0	3045204	3045298	95	1	1e-34	148
srn_4610_sRNA377	96.15	78	3	0	2822593	2822670	82	5	2e-28	128
srn_4610_sRNA377	90.22	92	8	1	2075973	2076064	93	3	1e-25	119
srn_4610_sRNA377	94.37	71	4	0	1866587	1866657	25	95	7e-23	110
srn_4610_sRNA377	92.31	52	4	0	1978574	1978625	2	53	2e-12	75.0
srn_2740_Teg108	98.98	98	1	0	1370067	1370164	1	98	6e-43	176
srn_0950_Sau63	100.00	91	0	0	487112	487202	1	91	1e-40	169
srn_4570_Teg27	98.90	91	1	0	2722999	2723089	1	91	5e-39	163
srn_4220_sRNA345	100.00	87	0	0	2514970	2515056	1	87	2e-38	161
srn_4220_sRNA345	93.33	90	3	2	2509333	2509422	1	87	5e-29	130
srn_1900_Sau15	97.83	92	2	0	878509	878600	1	92	6e-38	159
srn_3020_Teg65	100.00	82	0	0	1545429	1545510	1	82	1e-35	152
srn_0870_Teg38as	100.00	82	0	0	431395	431476	1	82	1e-35	152
srn_4290_sRNA348	100.00	79	0	0	2547739	2547817	1	79	5e-34	147
srn_4060_Sau6723	100.00	79	0	0	2415628	2415706	1	79	5e-34	147
srn_3110_Sau6353	100.00	76	0	0	1600836	1600911	1	76	2e-32	141
srn_1780_Sau66	98.73	79	1	0	813747	813825	1	79	2e-32	141
srn_4680_Sau19	100.00	75	0	0	2770923	2770997	1	75	8e-32	139
srn_3710_Sau6799	100.00	68	0	0	2005340	2005407	1	68	6e-28	126
srn_2610_Sau24	98.59	71	1	0	1282200	1282270	1	71	6e-28	126
srn_1570_RsaOW2	100.00	65	0	0	2452805	2452869	65	1	3e-26	121
srn_1570_RsaOW2	100.00	65	0	0	1985761	1985825	65	1	3e-26	121
srn_4540_sprAs2	100.00	62	0	0	2717816	2717877	1	62	1e-24	115
srn_4540_sprAs2	96.77	62	2	0	2713615	2713676	1	62	3e-21	104
srn_4260_Sau30	98.44	64	1	0	2519705	2519768	1	64	5e-24	113
srn_1930.2_rsaOF	97.06	68	1	1	2551335	2551401	68	1	5e-24	113
srn_1930.2_rsaOF	95.38	65	3	0	289932	289996	1	65	3e-21	104
srn_1930.2_rsaOF	91.30	69	4	1	2075801	2075869	67	1	7e-18	93.5
srn_9490_sRNA337	100.00	57	0	0	1985763	1985819	1	57	8e-22	106
srn_9490_sRNA337	100.00	57	0	0	2452807	2452863	1	57	8e-22	106
srn_3700_Teg142	100.00	57	0	0	1985763	1985819	1	57	8e-22	106
srn_3700_Teg142	100.00	57	0	0	2452807	2452863	1	57	8e-22	106
srn_3590_sprAs1	100.00	57	0	0	1922670	1922726	1	57	8e-22	106
srn_4840_RsaOV	100.00	55	0	0	2853979	2854033	1	55	1e-20	102
srn_1930.1_rsaOF	98.28	58	1	0	880556	880613	1	58	1e-20	102
srn_1930.1_rsaOF	96.55	58	2	0	271922	271979	1	58	5e-19	97.1
srn_0060_Sau65	98.28	58	1	0	21710	21767	1	58	1e-20	102
srn_4170_Sau23	100.00	54	0	0	2478577	2478630	1	54	4e-20	100
srn_0960_Teg147	98.21	56	1	0	489246	489301	1	56	1e-19	99.0
srn_4530_sprAs2prime	98.18	55	1	0	2713619	2713673	1	55	5e-19	97.1
srn_3770_Teg122	100.00	52	0	0	2115477	2115528	1	52	5e-19	97.1
srn_1020_sRNA90	100.00	52	0	0	507832	507883	1	52	5e-19	97.1
srn_1060_Teg149	98.04	51	1	0	515855	515905	1	51	8e-17	89.8
srn_1460_sRNA128	100.00	47	0	0	635750	635796	1	47	3e-16	87.9
srn_1000_sRNA88	100.00	46	0	0	499098	499143	1	46	1e-15	86.1
srn_3850_Teg123	92.00	50	4	0	355605	355654	62	13	3e-11	71.3