Staphylococcus aureus MSSA476 MSSA476

The prediction was done using a set of srn genes identified from SRD RNA-seq analysis.

Numbers of SRD’S predicted srn sequences =

subject_seq_id	identity	length	mismatch	gapopen	query_start	query_end	subject_start	subject_end	evalue	bitscore
srn_4470_RsaX28	99.92	1177	1	0	2428490	2429666	1	1177	0.0	2169
srn_1670_Teg20as	99.50	1009	5	0	709289	710297	1	1009	0.0	1836
srn_0770_Teg18as	98.96	865	9	0	340517	341381	1	865	0.0	1548
srn_1580_sbrC	98.89	809	8	1	673458	674266	120	927	0.0	1443
srn_5020_sRNA401	99.82	568	1	0	2703160	2703727	1	568	0.0	1044
srn_1590_rsaC	99.63	545	1	1	673628	674172	1	544	0.0	994
srn_3790_sRNA301	99.44	532	3	0	2025761	2026292	1	532	0.0	966
srn_3910_RNAIII	99.81	516	1	0	2086458	2086973	1	516	0.0	948
srn_2130_rsaE	99.56	459	2	0	959222	959680	1	459	0.0	837
srn_4330_Teg36as	98.69	458	0	1	2342954	2343411	1	452	0.0	808
RNaseP	100.00	435	0	0	1511101	1511535	1	435	0.0	804
srn_0860_RsaOB	99.76	421	1	0	385893	386313	1	421	0.0	773
srn_5070_RsaX25	99.47	379	2	0	2751511	2751889	1	379	0.0	689
srn_2250_sprG4	100.00	369	0	0	1035071	1035439	1	369	0.0	682
srn_2880_RsaOQ	99.73	366	1	0	1402679	1403044	1	366	0.0	671
srn_3840_sprG1	99.46	367	2	0	2030293	2030659	1	367	0.0	667
tmRNA	99.44	359	2	0	837496	837854	1	359	0.0	652
srn_3300_Teg70	100.00	348	0	0	1715240	1715587	1	348	0.0	643
srn_4050_artR	100.00	346	0	0	2192423	2192768	1	346	0.0	640
srn_0280_sRNA16	97.58	372	9	0	98278	98649	1	372	0.0	638
srn_2560_sRNA212	100.00	318	0	0	1205938	1206255	1	318	6e-167	588
srn_4770_sRNA385	95.75	353	10	1	2591194	2591546	85	432	1e-159	564
srn_4340_Teg23	99.67	307	1	0	2343789	2344095	1	307	4e-159	562
srn_2530_sRNA209	99.67	304	1	0	1180335	1180638	1	304	2e-157	556
srn_1990_Teg40as	100.00	300	0	0	852018	852317	1	300	6e-157	555
srn_1350_Teg45	100.00	291	0	0	559355	559645	1	291	6e-152	538
srn_4830_Sau6072	98.98	295	3	0	2604912	2605206	1	295	4e-149	529
srn_3360_sRNA267	100.00	283	0	0	1759174	1759456	1	283	2e-147	523
srn_3320_sRNA264	99.65	283	1	0	1732381	1732663	1	283	8e-146	518
srn_3260_Teg69	100.00	273	0	0	1689100	1689372	1	273	7e-142	505
srn_4520_RsaX20	100.00	262	0	0	2465866	2466127	1	262	8e-136	484
srn_4190_sRNA342	100.00	259	0	0	2255551	2255809	1	259	4e-134	479
srn_3280_sRNA260	100.00	259	0	0	1708973	1709231	1	259	4e-134	479
srn_4100_sprG3	100.00	255	0	0	2205493	2205747	1	255	7e-132	472
4.5S	100.00	253	0	0	485471	485723	1	253	9e-131	468
srn_4000_sRNA326	99.60	253	1	0	2179045	2179297	1	253	4e-129	462
srn_3570_sRNA284	96.75	277	9	0	1872594	1872870	1	277	4e-129	462
srn_3570_sRNA284	95.26	211	10	0	59430	59640	67	277	9e-91	335
srn_0260_Teg15as	100.00	244	0	0	88053	88296	1	244	9e-126	451
srn_3350_sRNA266	99.19	246	2	0	1747379	1747624	1	246	1e-123	444
srn_2970_sRNA235	100.00	240	0	0	1449333	1449572	1	240	1e-123	444
srn_2230_sprG2	99.59	241	1	0	1034814	1035054	1	241	2e-122	440
srn_2450_Sau6229	98.74	239	3	0	1157132	1157370	1	239	5e-118	425
srn_4550_sprA2	99.14	233	2	0	2483960	2484192	1	233	2e-116	420
srn_0030_Teg35	100.00	226	0	0	12492	12717	1	226	9e-116	418
srn_4980_Teg32	100.00	224	0	0	2691184	2691407	1	224	1e-114	414
srn_4740_sprA3	99.13	230	2	0	2579246	2579475	1	230	1e-114	414
srn_0930_Teg76	100.00	223	0	0	409220	409442	1	223	4e-114	412
srn_3490_RsaOE	100.00	220	0	0	1835740	1835959	1	220	2e-112	407
srn_3950_Teg16	99.11	225	2	0	2104802	2105026	1	225	7e-112	405
6S	100.00	218	0	0	1685636	1685853	1	218	2e-111	403
srn_2520_Teg60	100.00	216	0	0	1178528	1178743	1	216	3e-110	399
srn_1490_Sau6477	100.00	216	0	0	616055	616270	1	216	3e-110	399
srn_0440_rsaK	100.00	212	0	0	194006	194217	1	212	5e-108	392
srn_3660_Sau6515	99.53	213	1	0	1924825	1925037	1	213	7e-107	388
srn_3580_SprA1	100.00	207	0	0	1873307	1873513	1	207	3e-105	383
srn_1810_Teg51	100.00	206	0	0	776512	776717	1	206	1e-104	381
srn_1210_sRNA106	99.51	205	1	0	507653	507857	1	205	2e-102	374
srn_1080_RsaX05	99.51	205	1	0	454591	454795	1	205	2e-102	374
srn_0050_Teg1	96.07	229	8	1	15808	16035	1	229	7e-102	372
srn_4110_sRNA335	99.49	198	1	0	2207773	2207970	1	198	1e-98	361
srn_5010_Teg33	99.49	196	1	0	2697900	2698095	1	196	2e-97	357
srn_3390_Teg7	100.00	193	0	0	1791191	1791383	1	193	2e-97	357
srn_3190_Teg68	99.49	195	1	0	1674535	1674729	1	195	7e-97	355
srn_9500_sRNA368	94.06	219	13	0	2468196	2468414	84	302	3e-90	333
srn_1640_rsaD	100.00	177	0	0	689720	689896	1	177	2e-88	327
srn_4300_sRNA349	88.72	266	27	2	2316523	2316787	1	264	7e-87	322
srn_4300_sRNA349	93.17	161	7	3	1171165	1171324	264	107	3e-60	233
srn_4300_sRNA349	90.18	163	11	2	1643840	1644002	106	263	2e-52	207
srn_4300_sRNA349	85.37	164	18	4	1379370	1379533	262	105	1e-39	165
srn_4300_sRNA349	84.28	159	19	4	1469131	1469289	110	262	4e-35	150
srn_4300_sRNA349	83.54	164	21	4	1254956	1255118	263	105	1e-34	148
srn_4300_sRNA349	82.42	165	22	5	2756156	2756318	105	264	3e-31	137
srn_4300_sRNA349	81.87	171	20	7	824770	824938	102	263	4e-30	134
srn_4300_sRNA349	81.48	162	26	3	288868	289028	264	106	5e-29	130
srn_2410_Sau6524	100.00	173	0	0	1132806	1132978	1	173	3e-86	320
srn_4090_sprF3	100.00	172	0	0	2205422	2205593	1	172	9e-86	318
srn_2950_Teg6	99.42	172	1	0	1429788	1429959	1	172	4e-84	313
srn_3050_sRNA242	100.00	163	0	0	1542240	1542402	1	163	9e-81	302
srn_1550_Teg49	100.00	163	0	0	662191	662353	1	163	9e-81	302
srn_4160_Sau25	98.80	167	2	0	2234943	2235109	1	167	1e-79	298
srn_4160_Sau25	100.00	105	0	0	539508	539612	105	1	2e-48	195
srn_4160_Sau25	100.00	105	0	0	490089	490193	105	1	2e-48	195
srn_4160_Sau25	98.20	111	1	1	2121517	2121626	1	111	6e-48	193
srn_4160_Sau25	100.00	104	0	0	534298	534401	104	1	6e-48	193
srn_4160_Sau25	98.04	102	1	1	1943712	1943812	1	102	6e-43	176
srn_2460_Teg58	99.39	163	1	0	1163641	1163803	1	163	4e-79	296
srn_2550_Teg80	100.00	159	0	0	1199542	1199700	1	159	2e-78	294
srn_1070_Sau41	100.00	156	0	0	453886	454041	1	156	7e-77	289
srn_4460_Teg26	97.59	166	4	0	2417170	2417335	1	166	9e-76	285
srn_2330_Sau11	100.00	153	0	0	1086276	1086428	1	153	3e-75	283
srn_4120_Teg20	100.00	149	0	0	2211216	2211364	1	149	6e-73	276
srn_3780_Teg13	100.00	148	0	0	2020936	2021083	1	148	2e-72	274
srn_3040_Sau50	100.00	148	0	0	1538266	1538413	1	148	2e-72	274
srn_9340_sRNA287	98.08	156	3	0	1902561	1902716	1	156	7e-72	272
srn_2500_sRNA207	92.04	201	3	2	1171077	1171275	1	190	3e-71	270
srn_2500_sRNA207	85.22	230	18	7	273577	273805	215	1	7e-57	222
srn_2500_sRNA207	82.72	191	25	7	1167201	1167387	78	264	5e-39	163
srn_2500_sRNA207	89.52	124	10	2	1509165	1509288	138	258	3e-36	154
srn_2500_sRNA207	81.63	147	14	7	1981302	1981447	135	1	6e-23	110
srn_3550_Teg75	100.00	145	0	0	1860010	1860154	1	145	9e-71	268
srn_2580_Teg103	100.00	145	0	0	1216479	1216623	1	145	9e-71	268
srn_2290_sbrA	99.32	148	1	0	1043307	1043454	1	148	9e-71	268
srn_2200_Sau6053	100.00	145	0	0	979798	979942	1	145	9e-71	268
srn_3210_sRNA254	97.45	157	3	1	1678048	1678204	1	156	3e-70	267
srn_1510_rsaA	100.00	143	0	0	626252	626394	1	143	1e-69	265
srn_3610_SprC	100.00	142	0	0	1900257	1900398	1	142	4e-69	263
srn_4670_RsaOT	98.63	146	2	0	2537441	2537586	1	146	6e-68	259
srn_0590_sRNA37	100.00	140	0	0	260906	261045	1	140	6e-68	259
srn_3830_sprF1	100.00	138	0	0	2030292	2030429	1	138	7e-67	255
srn_2660_sRNA219	97.97	148	2	1	1294793	1294939	1	148	7e-67	255
srn_0510_rsaG	100.00	137	0	0	231438	231574	1	137	3e-66	254
srn_3800_sprD	97.93	145	3	0	2027160	2027304	1	145	9e-66	252
srn_3820_SprX	96.69	151	0	2	2028055	2028205	1	146	4e-64	246
srn_3140_Teg151	99.26	136	1	0	1578905	1579040	1	136	4e-64	246
srn_3740_Sau6492	100.00	131	0	0	1994143	1994273	1	131	6e-63	243
srn_1930.5_rsaOF	100.00	130	0	0	1970376	1970505	1	130	2e-62	241
srn_1930.5_rsaOF	91.00	100	6	1	2351019	2351118	130	34	1e-29	132
srn_1930.5_rsaOF	88.00	100	9	3	1167302	1167401	127	31	1e-24	115
srn_1930.5_rsaOF	87.25	102	7	3	771196	771296	127	31	2e-23	111
srn_4590_Teg28	100.00	128	0	0	2505740	2505867	1	128	3e-61	237
srn_2340_Sau59	100.00	128	0	0	1087880	1088007	1	128	3e-61	237
srn_1910_rsaH	100.00	128	0	0	823438	823565	1	128	3e-61	237
srn_1520_Sau76	100.00	122	0	0	626412	626533	1	122	6e-58	226
srn_4420_Teg25	100.00	121	0	0	2372850	2372970	1	121	2e-57	224
srn_1760_sRNA149	98.43	127	2	0	755180	755306	1	127	2e-57	224
srn_2830_SbrB	100.00	118	0	0	1367376	1367493	1	118	9e-56	219
srn_2240_sprF2	100.00	116	0	0	1034997	1035112	1	116	1e-54	215
srn_2260_sprF4	100.00	115	0	0	1035366	1035480	1	115	4e-54	213
srn_4390_rsaOG	100.00	111	0	0	2358637	2358747	1	111	7e-52	206
srn_3600_SprB	98.29	117	1	1	1887804	1887920	1	116	3e-51	204
srn_4440_sRNA361	100.00	109	0	0	2405624	2405732	1	109	1e-50	202
srn_2540_sRNA210	100.00	106	0	0	1180844	1180949	1	106	4e-49	196
srn_2400_Teg37as	99.08	109	1	0	1130879	1130987	1	109	4e-49	196
srn_5000_Sau13	99.04	104	1	0	2697249	2697352	1	104	3e-46	187
srn_3870_sRNA296	88.89	153	16	1	1971930	1972082	32	183	3e-46	187
srn_3870_sRNA296	94.07	118	7	0	1971889	1972006	49	166	4e-44	180
srn_3870_sRNA296	89.63	135	13	1	165469	165602	183	49	3e-41	171
srn_3870_sRNA296	83.24	185	26	4	1469183	1469364	1	183	1e-39	165
srn_3870_sRNA296	82.70	185	27	4	1379295	1379476	183	1	6e-38	159
srn_3870_sRNA296	88.15	135	15	1	1509148	1509281	183	49	6e-38	159
srn_3870_sRNA296	85.23	149	18	4	817662	817806	35	183	4e-35	150
srn_3870_sRNA296	91.67	108	8	1	140175	140281	108	1	1e-34	148
srn_3870_sRNA296	91.43	105	9	0	1096658	1096762	4	108	2e-33	145
srn_3870_sRNA296	90.74	108	9	1	859656	859762	1	108	6e-33	143
srn_3870_sRNA296	82.25	169	22	7	1167144	1167306	167	1	8e-32	139
srn_3870_sRNA296	80.77	182	28	6	2590947	2591123	4	183	1e-30	135
srn_3870_sRNA296	87.04	108	13	1	908440	908546	108	1	3e-26	121
srn_3870_sRNA296	85.19	108	15	1	817684	817790	1	108	6e-23	110
srn_2740_Teg108	100.00	98	0	0	1341028	1341125	1	98	1e-44	182
srn_0880_Sau5971	100.00	96	0	0	391542	391637	1	96	2e-43	178
srn_4610_sRNA377	100.00	95	0	0	1096763	1096857	95	1	6e-43	176
srn_4610_sRNA377	100.00	95	0	0	2519285	2519379	1	95	6e-43	176
srn_4610_sRNA377	97.89	95	2	0	165390	165484	1	95	1e-39	165
srn_4610_sRNA377	97.89	95	2	0	406514	406608	1	95	1e-39	165
srn_4610_sRNA377	97.89	95	2	0	2155893	2155987	95	1	1e-39	165
srn_4610_sRNA377	97.89	95	2	0	1972067	1972161	95	1	1e-39	165
srn_4610_sRNA377	97.89	95	2	0	1856523	1856617	95	1	1e-39	165
srn_4610_sRNA377	97.89	95	2	0	859763	859857	95	1	1e-39	165
srn_4610_sRNA377	97.89	95	2	0	273716	273810	95	1	1e-39	165
srn_4610_sRNA377	96.84	95	3	0	654198	654292	1	95	6e-38	159
srn_4610_sRNA377	96.84	95	3	0	770207	770301	1	95	6e-38	159
srn_4610_sRNA377	96.84	95	3	0	1379216	1379310	1	95	6e-38	159
srn_4610_sRNA377	95.79	95	4	0	1469349	1469443	95	1	3e-36	154
srn_4610_sRNA377	95.65	92	4	0	1658384	1658475	4	95	1e-34	148
srn_4610_sRNA377	94.74	95	4	1	1254862	1254955	1	95	5e-34	147
srn_4610_sRNA377	95.60	91	4	0	2591108	2591198	95	5	5e-34	147
srn_4610_sRNA377	91.30	92	7	1	1981359	1981450	93	3	2e-27	124
srn_1770_rsaOC	97.98	99	2	0	755201	755299	1	99	7e-42	172
srn_1900_Sau15	100.00	92	0	0	822779	822870	1	92	3e-41	171
srn_4570_Teg27	100.00	91	0	0	2489106	2489196	1	91	1e-40	169
srn_4220_sRNA345	100.00	87	0	0	2280312	2280398	1	87	2e-38	161
srn_3020_Teg65	100.00	82	0	0	1511304	1511385	1	82	1e-35	152
srn_0870_Teg38as	100.00	82	0	0	389548	389629	1	82	1e-35	152
srn_4290_sRNA348	100.00	79	0	0	2313077	2313155	1	79	5e-34	147
srn_4060_Sau6723	100.00	79	0	0	2193584	2193662	1	79	5e-34	147
srn_3110_Sau6353	100.00	76	0	0	1566322	1566397	1	76	2e-32	141
srn_1780_Sau66	98.73	79	1	0	757901	757979	1	79	2e-32	141
srn_1930.2_rsaOF	98.72	78	1	0	1171211	1171288	1	78	8e-32	139
srn_1930.2_rsaOF	92.42	66	5	0	1509223	1509288	13	78	2e-18	95.3
srn_3860_sRNA315	98.67	75	1	0	2065264	2065338	1	75	4e-30	134
srn_3460_Sau5949	89.72	107	8	3	1816348	1816452	1	106	4e-30	134
srn_3460_Sau5949	100.00	45	0	0	1666317	1666361	106	62	4e-15	84.2
srn_2610_Sau24	100.00	71	0	0	1254239	1254309	1	71	1e-29	132
srn_3710_Sau6799	100.00	68	0	0	1954429	1954496	1	68	6e-28	126
srn_4260_Sau30	100.00	64	0	0	2285047	2285110	1	64	1e-25	119
srn_4540_sprAs2	100.00	62	0	0	2483933	2483994	1	62	1e-24	115
srn_4540_sprAs2	96.77	62	2	0	2479676	2479737	1	62	3e-21	104
srn_4680_Sau19	93.33	75	5	0	2538009	2538083	1	75	2e-23	111
srn_0060_Sau65	100.00	58	0	0	21727	21784	1	58	2e-22	108
srn_3590_sprAs1	100.00	57	0	0	1873478	1873534	1	57	8e-22	106
srn_4840_RsaOV	100.00	55	0	0	2621038	2621092	1	55	1e-20	102
srn_4170_Sau23	100.00	54	0	0	2253482	2253535	1	54	4e-20	100
srn_0960_Teg147	98.21	56	1	0	425157	425212	1	56	1e-19	99.0
srn_4530_sprAs2prime	98.18	55	1	0	2479680	2479734	1	55	5e-19	97.1
srn_3770_Teg122	100.00	52	0	0	2020860	2020911	1	52	5e-19	97.1
srn_1020_sRNA90	100.00	52	0	0	444588	444639	1	52	5e-19	97.1
srn_1060_Teg149	98.04	51	1	0	453423	453473	1	51	8e-17	89.8
srn_1460_sRNA128	100.00	47	0	0	580593	580639	1	47	3e-16	87.9
srn_1000_sRNA88	100.00	46	0	0	435781	435826	1	46	1e-15	86.1